История церкви начинается почти одновременно с письменной историей самого Гродно. Предположительно храм был построен в 1140—1170-е гг.
Инициаторами строительства называют гродненского князя Всеволодко или двух его сыновей: Бориса и Глеба.
Учитывая отдалённое расположение, храм, скорее всего, изначально строился как монастырский.
Первый известный нам настоятель монастыря — игумен Каллист — жил в XVI веке. Однако автор хроники, сообщивший это имя, специально отмечает, что и «до него должно быть были игумены».
Кроме Коложской церкви в то время в Гродно существовали еще четыре православных храма — для маленького средневекового города это очень много. Они построены в одном стиле и, вероятно, одним мастером — Петром Милонегом. Всё это говорит о том, что в Гродно XII века существовала своя самобытная архитектурная школа, а Коложа — наиболее полно сохранившийся её образец.