Но нельзя свысока относиться к прошлому. Именно работники этого музея в конце 40-х годов XX века помогли экспедиции археологов АН СССР на раскопках возле Старого замка в Гродно (и по Коложе) уникальными материалами из фондов и библиотеки музея, оставшись при этом, как обычно бывает с музейщиками, «за кадром».
ЗАЖГЛИ МАЯЧОКЗатем, в 1979 году, Коложскую церковь передали в ведение тогда Республиканского музея атеизма и истории религии (сейчас Государственного музея истории религии). Его коллектив выступил инициатором исследований состояния храма, которые проводились минскими специалистами в 1979 году (тогда же и был установлен самый ранний «маячок» на трещине восточного фасада).
В 80-е годы производились археологические и искусствоведческие исследования под общим руководством О. А. Трусова. В этот период была снята штукатурка с внутренней части северной стены и колонн, обнаружены остатки фресок и проведена консервация плинфы (в этой работе принимал участие и автор этих строк, тогда работник музея). Тогда же были поставлены новые «маячки» в проблемных местах.
С 1991 года усугубились оползневые процессы в толще берега, возможно, имела место и просадка карстовой полости. В 1993—1995 годах была предпринята первая попытка укрепить берег, в которой принимали участие французские специалисты. Работа эта, к сожалению, прекратилась на начальном этапе. В 2000—2005 годах укрепили склон, что дало возможность приступить к проектированию реставрационных работ.
Таким образом, архитектурная концепция разрабатывалась с начала 90-х годов. В 1992-м был проведен открытый республиканский конкурс, который выиграл талантливый архитектор из Минска Геннадий Лаврецкий с
предложением восстановить Коложу такой, какой она была в XII веке. Он и стал научным руководителем объекта. Наиболее сильным его оппонентом являлся минский архитектор Вадим Глинник, который предлагал восстановить храм в облике до катастрофы 1853 года.