Роспись алтаря и руководство живописными работами поручили В.М. Васнецову. К слову, Виктор Михайлович, был весьма религиозным человеком. Он родился в семье священника, окончил духовную семинарию. Значительная часть его творчества — фрески и мозаики на церковную тему. Хотя большинство знает этого художника по его работа на темы русских сказок и былин: «Иван-Царевич на Сером Волке», «Алёнушка», «Богатыри».
Начавшаяся Первая мировая война привела к эвакуации в 1915 г. русской администрации и православного духовенства из Варшавы Александро-Невский православный собор был оккупационными власями превращен в гарнизонный католический костел св. Генриха.
В конце 1918 г. Польша стала независимым государством, и уже через три месяца варшавский магистрат вынес постановление о ликвидации в городе большинства православных церквей.
Местное общество таким решением было взволновано, многие граждане выступали за сохранение собора и превращение его в музей, архив или гарнизонный костел. Сторонники разрушения объявляли собор «малоценным», к тому же занимавшим слишком большую площадь в Варшаве.
Времени на разрушение потребовалось немало. По сообщениям польской печати, число «малых взрывов», произведенных специально созданными бригадами, составило 15 000. В июле 1926 года храм Святого Благоверного князя Александра Невского вместе с колокольней был окончательно уничтожен, и примерно в те же дни в Москве скоропостижно скончался в своей мастерской великий живописец Виктор Васнецов.
После разрушения из всех шедевров русских мастеров уцелели лишь небольшой фрагмент композиции «О Тебе радуется, Благодатная» вместе с мозаичным полотном художника Николая Кошелева «Спас со строителем» (Леонтий Бенуа держит модель собора). Благодаря усилиям православных подвижников в 1924–1926 годы эти реликвии были перевезены в Барановичи, в построенный там в 1931 году храм в честь Покрова Пресвятой Богородицы. Некоторые орнаменты после длительного хранения в Национальном музее Варшавы оказались в православном храме Марии Магдалины (в местной Праге). Колонны из яшмы отправили в усыпальницу маршала Пилсудского. Мраморные фрагменты были использованы и в других местах, включая костелы.